Hikayemiz gözden düşmüş bir süikastçi olan Altair'in Assassin's Order'da (Süikastçiler tarikatı) kaybettiği itibarını yeniden kazanmak için çıktığı epik yolculuğu konu alıyor. Mason lider Robert de Sable'i öldürmekte ve efsanevi Mason hazinesini ele geçirmete başarısız olan Altair, Assassin Order'daki en düşük mevki olan yeni müritlere verilen "Uninitiated" mertebesine düşürülür.

Assassin'lerin lideri, Sinan, kahramanımıza kendisini affettirmek için bir fırsat sunar, Altair Kutsal Topraklara gitmeli Üçüncü Haçlı Seferlerinin yarattığı düşmanlıkları daha da körükleyip bunlardan yararlanmak isteyen kişileri öldürmelidir. Bu sayede bölgedeki olaylar durulacak ve Sinan yeni bir barış çağı için yolundaki son engelleri de ortadan kaldıracaktır.

Oyunumuz başladığında Richard The Lionheart liman şehri Akr'ı Saracen*'lerin elinden tekrar almayı başarmıştır. Birliklerini güçlendirmek üzere şehire konuşlanan Haçlılar güneye doğru ilerlemek üzere hazırlanmaktadır. Haçlıların asıl hedefi Kilise adına tekrar ele geçirmeyi planladıkları KUDÜS'tür. Ancak Kudüs'ün lideri Saracen ordusunun lideri Salahaddin'dir. Ordusunun Akr'daki yenilgisinden sonra birşeyler yapılmalıdır. Saracen'ler Arsuf kalesinin önlerinde Haçlıları tuzağa düşürmek ve Kudüs'e ulaşmasını engellemek üzere yığınak yapmaktadır.

Ancak bu savaş manevraları Kutsal Toprakların geriye kalan tümünü korumasız kalmasına neden olmuştur. Richard ve Salahaddin savaş alanında birbirleriyle savaşırken arkaplanda onların yerine gelen insanlar elde ettikleri gücün avantajlarını kendi lehlerine istismar etmeye başlamıştır. Kutsal topraklarda provakasyon, istismar ve yolsuzluk hüküm sürmeya başlamıştır. Ve kahrmanımız Altair kendisini bu kaosun ortasında bulur. Hedefi, elde ettiği gücü en çok suistimal ettikleri görülen bu kişilerin öldürülmesidir.

Ve Altair görevlerine başlar...

Ancak hikaye boyunca kahramanımız hedeflerinin aslında kişisel kazançtan öte bir amaç güttüklerini keşfeder. Bu insanlar tıpkı Assassin'ler gibi gizli bir örgüte üyedir ve hedefleri sadece kişisel olarak kâr gütmek değildir. Gerçek hedefleri ve buna nasıl ulaşacakları ise hikayemiz boyunca açıklığa kavuşacak sırlarıdır...

* Saracen = "şarkiyyin" Arapça kelimesinden gelmekte ve "Doğulular" anlamında kullanılmıştır. Terim özellikle Haçlı Seferlerinde Bizans ve Haçlılar tarafından Araplar, Türkler ve doğudaki diğer İslam topluluklarını tanımlamakta kullanılmaktaydı.